为贯彻落实全国教育和科技工作会议精神，建设一流高校，新疆医科大学于2014年成立了具有开放性、综合性、共享性、服务性的中心实验室，促进了学校科技资源高效配置和综合利用，快速提升学校科研发展水平。中心实验室的管理理念为“团结、创新、开放、共进”。
中心实验室具有核磁、电镜、激光共聚焦显微镜、高效液相色谱仪-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、细胞能量代谢测定仪等大型仪器设备，围绕各学科发展方向搭建了分子与细胞生物学平台、形态学平台、分析测试平台、中药及健康产品转化平台。实验室全面对校内外开放，大型设备按照“专人专管，网上预约，培训使用”的原则开放，各平台实验人员实行培训准入制，年在站研究人员约500人。
中心实验室以服务健康新疆、健康中国、健康丝绸之路为导向，以新疆高发和重大疾病防治的基础和临床问题为着眼点，充分发挥实验室技术平台、人才团队和医疗卫生资源优势，为开展疾病的发病机制、早期预警、临床疗效评价及药物作用靶点等提供技术支撑和创新平台，建成中亚高水平的研究基地、形成对外科技交流与合作的中心、大型科研仪器设备的聚集地、实验技术操作和仪器设备管理的培训基地、高层次人才科技创新和学生创新创业的流动站，为学校科技创新提供一流的平台支持和高水平的技术服务，全面提升学校科技创新能力和水平，推进学校高质量发展。
